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区别如下:1.公积金贷款利息比自营性贷款低。2.自营性贷款不受个人所交公积金数额影响,只受房价的80%这一上限控制;公积金贷款的上限既要受房价80%这一比例控制,又要根据个人所交公积金数额计算贷款上限。(所以才有组合贷款一说)。3.承担风险的主体不同。公积金个人住房贷款是一种委托性住房贷款,它是国家住房公积金管理部门用归集的住房公积金资金,由政府设立的住房置业担保机构提供担保,委托商业银行发放给公积金缴存人的住房贷款。从风险承担的角度讲,商业银行本身不承担贷款风险。而自营性个人住房贷款是商业银行利用自有信贷资金发放的住房贷款,商业银行自己承担贷款风险。4.资金来源不同。公积金个人住房贷款的资金来自公积金管理部门归集的住房公积金,而商业银行的自营性个人住房贷款来源于银行自有的信贷资金。5.贷款对象不同。公积金个人住房贷款的对象需要是住房公积金缴存人,而商业银行自营性个人住房贷款不需要是住房公积金缴存人,而是符合商业银行自营性个人住房贷款条件的、具有完全民事行为能力的自然人。6.贷款利率不同。公积金个人住房贷款的利率比自营性个人住房贷款利率低。7.审批主体不同。公积金个人住房贷款与商业银行自营性个人住房贷款审批之间存在区别。公积金个人住房贷款的申请由各地方公积金管理中心负责审批,而自营性个人住房贷款由商业银行自己审批。